立川駅からSuicaでご乗車いただき、東京駅の新幹線乗換口で乗り換える際、乗換改札機にまず新幹線のきっぷを投入し、その後Suicaをタッチしてください。
新幹線乗換改札機では新幹線のきっぷの入場処理を行い、精算が必要な立川駅から西荻窪駅（東京都区内の入口駅）までの運賃（IC運賃）をSuicaの入金（チャージ）残額から精算します。

なお、Suicaの入金（チャージ）残額が不足している場合は改札機の扉が閉まりますので、あらかじめSuicaの入金（チャージ）残額が十分あることをお確かめのうえご利用ください。

また、「新潟→東京都区内」のきっぷでお帰りの際、東京駅の新幹線乗換改札機では新幹線のきっぷだけでお通りいただけます。
立川駅まで乗り越しをされた場合は、新幹線のきっぷをご提示になり精算してください。

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Suica－新幹線乗換改札機の通り方